Konvent johanitek vzniká v Manětíně patrně již roku 1169. V souivlsosti s darováním tohoto místa řádu králem Vladislavem je pak bezpečně doložen k roku 1182 spolu se zdejším kostelem. Později věnuje řádu Petr Milhost spolu se závazkem zřídit v Manětíně klášter 15 vsí, což se však později stává předmětem sporu mezi jeho matkou a pražským johanitským převorem. Ten se podařilo z rozhodnutí papeže urovnat až v roce 1194 rozdělením sporných majetků, přičemž johanité byli zproštěni závazku zbudovat zde klášter a lokalita je podřízena přímo pražským johanitům. Následné zřízení komendy johanitů je v Manětíně doloženo až roku 1325, přičemž její fungování je dobře dokumentováno v letech 1343 až 1419. V obdobích husitských válek král Zikmund roku 1420 zastavuje tyto statky Švamberkům. I nadále zde až do roku 1483 však pobýval komtur a několik duchovních, kdy řád tato statky prodal Bohuslavu II. ze Švamberka.
Až do roku 1440 v prostoru bývalé komendy sídlil purkrabí, poté objekt pustl. Koncem 16. století je bývalá komenda přestavěna na renesanční zámek.